慈諴宮是一座採兩殿、兩廊、兩護龍平面配置的廟宇，一共形成5個天井，兩殿之間以過水廊連接護龍，為典型殿堂式閩南式廟宇。第一進的三川殿的屋頂，是以歇山重簷式的翹脊屋頂，亦即俗稱的「太子樓」形式，正殿中門的單蟠龍八角柱為光緒年間所造，左右麒麟堵則是1828年的作品。門上的彩繪宮娥及門神尉遲宮、秦淑寶，畫工相當的精細，是近代重要的匠師陳玉峰的作品。正殿之旁有一幅士林舊街的石壁，讓人憑此懷想昔日士林的街道面貌景色。