博物館內的典藏文物共有4個主題，詳敘臺灣原住民各族的分佈區域，以及建築、工藝、狩獵器具……等傳統日常生活物件的介紹，還有各族美麗的傳統服飾，與原住民族最重要的祖靈信仰。館方也會不定期舉辦各種相關活動及課程，讓民眾能以更活潑而輕鬆的方式，親自體驗原住民的文化，領略他們崇敬祖靈、與自然山川共生息的生活智慧。