芝山岩展示館為內，結合芝山的自然生態及地質景觀，1樓是屬於實體的展示室：地層模型，清楚的看到地層的紋路及每一層的變化；全區模型，鳥瞰芝山岩全貌；陶器復原模型，看看先民所用的器具，從粗糙到細緻的演變過程。

1樓有許多的解說看板，像是史前考古走廊，介紹考古的歷程及發現，動物及植物的生態、地質解說、生物解說等等，讓民眾了解芝山的故事。2樓是結合多媒體的教室，有DIY教室、動手畫創意，發揮自己的巧思，放映室不定期的生態影片欣賞、觀察小窗。

另外這裡還有一間小小主播體驗棚，讓小朋友體驗播報新聞的樂趣。展示館的設置是保存芝山岩文化的第一步，在參觀過程中，喚起大家對這塊土地的重視與感情，才是展示館最重要的價值。