1895年甲午戰敗，臺灣被割讓給日本，圖謀自救的「臺灣民主國」總統府也設在這裡，但不幸的是僅只維持10多天，就失敗了。日本人在總督府（今總統府）建成之前，也暫時使用衙門西側的籌防局作為臨時的總督府辦公室。1931年，為了紀念裕仁天皇登基，決定在布政使司籌防局前廣場興建臺北公會堂，便將布政使司衙門拆除，將其中一部分建築移入圓山動物園（今臺北兒童育樂中心昨日世界）及植物園保存。如今只剩植物園內的的籌防局門廳、布政使司大堂與部分廂房仍保持完好，也是全臺目前僅存的清代衙門建築。

戰後，此建築被臺灣省林務局林業試驗所作為林業陳列館使用，由行政院農委會管轄。1985年內政部將其指定為國家二級古蹟，這座臺灣僅存的衙門建築，格局宏整，室內高敞，表現了清代官衙之威嚴與氣勢。