寺廟採明顯的日式風格，大殿建築為單簷的歇山式面寬3開間，進深亦得3間，近正方形、屋頂向前伸出成為入口玄關、大殿內部地面抬高處鋪上塌塌米，呈現簡樸寧靜而又莊嚴肅穆的日式宗廟之美，而大殿則為高級檜木所造。

本寺至今仍保有日式祭拜儀式，有別於傳統的臺灣祭拜模式，正門旁的鐘狀窗牖，深具特色，而入口玄關可看到斗拱，虹樑的精美雕刻，題有普濟寺的匾額是由于右任手書。

值得一提的是，寺院左邊涼亭內恭奉一尊左手抱嬰兒、右手持禪杖的石佛，一般民眾認為佛像為「送子觀音」，佛教界人士則認為是日本「子安菩薩」，為地藏王菩薩的化身之一，吸引許多善男信女到此祈求子嗣，而湯守觀音與子安菩薩這兩座神祉，成為寺院的一大特色。